國安及兩岸高層人事異動，前法務部長邱太三出任陸委會主委，外界好奇前立法院長是否將出任海基會董事長。對此，東華大學教授、獨派大老施正鋒認為，王金平和前副總統陳建仁都是高雄白派，監察院長陳菊和高雄市長陳其邁先前又曾和王金平拜年，看來總統蔡英文可以用的大概就是王金平。
施正鋒接受《中評社》訪問時表示，王金平和蔡英文兩人應該是有默契，而且反正王金平也不會去做壞事，對兩岸關係也不會有太大的變化。
施正鋒提到，其實早在前總統陳水扁執政時期，陳水扁就曾想找王金平去當行政院長，但王金平當時沒有接受。不過施正鋒也認為兩岸關係在蔡英文任內，並不期望會有所進展，所以王金平當不當海基會董事長，影響也沒有那麼大。 （相關報導： 不只王定宇被跟拍？徵信業者曝：綠還有17個未爆彈，候選人、代表都有 ｜ 更多文章 ）
施正鋒也說，邱太三當陸委會主委並不是要兩岸春暖花開，這其實是AIT處長酈英傑去年曾說今年有一筆52億元的美國對台軍售，但當時國防部卻回應並無規畫新增軍購項目，嚴德發的發言恐怕得罪了美國，所以只好請他離開，因而產生國安團隊一連串的人事異動，陸委會主委也因此換由邱太三擔任。
