總統賴清德5月20日的就職演說中，於至關重大的兩岸政策強調「中華民國與中華人民共和國互不隸屬」，每個人都要團結、愛護國家，「任何一個政黨，都要反併吞、護主權，不可為了政權犧牲國家主權」。對此，前總統馬英九抨擊，賴清德是第一位自稱「務實台獨工作者」的中華民國總統，就職演說直接表明「台灣也是國家名稱」與「中華民國與中華人民共和國互不隸屬」的《新兩國論》，將讓兩岸關係立刻面臨不可預測的風險與挑戰。
520前，有媒體報導賴清德將釋放對中國「善意」的訊息，但在台灣總統就職演說發表後，中國外交部長王毅強調「一個中國」原則是維護台海和平的定海神針，指「台獨」分裂行徑，構成對國際秩序最嚴重的挑戰，對台海現狀最危險的改變，也是對台海和平最重大的破壞。國台辦發言人陳斌華則指，頑固堅持台獨立場，大肆宣揚分裂謬論，煽動兩岸對立對抗，妄圖倚外謀獨、以武謀獨。
